TL;DR
4K 27inchのディスプレイ x 2 と WQHDのディスプレイ x 1を常用しているが，i3wmで不意にスケーリングがおかしくなる．
大抵はDPIの設定が変になってるので設定変更のまとめ
i3wm全体におけるDPI
.Xresources を使う
自分の環境では結果的に効果なし．以下を~/.Xresourcesへ書き込む．
Xft.dpi: 144
xorg.conf を使う
xorg.confのSection "Screen"へ以下のオプションを追加することで設定可能．
i3bar含めたi3wm自体のDPIが変化する．
Option "DPI" "144 x 144"
起動中にxrandrで変更することも可能．i3wmのリスタートで反映されるが，永続はしない．
xrandr -dpi 144
i3-msg restart
カーソルサイズ
GTK, Qtなどのアプリケーション上では問題ないが，i3wm自体のコンポーネント上でバカデカいサイズになったりした．
これは~/.Xresourcesにカーソルサイズを指定することで調整可能．
Xcursor.size: 24
GTKアプリケーションのDPI
i3wm自体のDPIとGTKのDPIで整合がとれていないのか，GTKアプリケーションが異様に小さいスケールになっていた．
GTK3+であれば環境変数でDPIスケーリングを調整可能なため，以下を~/.xprofileへ追加．
export GDK_DPI_SCALE=1.25
QTもスケーリングがおかしくなってるのかと思いきや，こっちは無事だった．よくわからん．